Laboratorij je podorganizaciona jedinica odsjeka u kojoj se mogu obavljati naučnoistraživački rad kroz fundamentalna, aplikativna i razvojna istraživanja, obrazovni rad kroz eksperimentalni i praktični rad i standardna ispitivanja kroz analitička i dijagnostička ispitivanja.
Laboratorijem rukovodi rukovodilac laboratorija. Rukovodilac laboratorija je za svoj rad odgovoran šefu odsjeka i vijeću odsjeka.
Rukovodioca laboratorija bira vijeće odsjeka na mandat od četiri godine sa mogućnošću jednog ponovnog izbora.
Odsjek za biologiju
Laboratorij za istraživanje i zaštitu endemičnog genofonda
Odsjek za fiziku
Laboratorija za fiziku materijala
Odsjek za hemiju
Laboratorij za vodu i zrak
Laboratorij za metale
Laboratorij za anorgansku i bioanorgansku hemiju
Laboratorij za prirodne produkte